Poste postdoctoral - Projet collaboratif TANDEM DeepMarrow

Université de Lausanne

Poste postdoctoral au sein du projet DeepMarrow en Suisse. Une occasion unique de contribuer à l'innovation en oncologie.TâchesCollaborer avec des cliniciens pour structurer les données d'images.Développer le workflow DeepMarrow pour l'analyse morphologique.Identifier des échantillons pour analyses multimodales avancées.CompétencesDoctorat en biologie computationnelle ou pathologie requis.Expertise en analyse d'images et apprentissage machine.Compétences en gestion de projets collaboratifs.IntroductionPoste postdoctoral – projet collaboratif TANDEM DeepMarrow @Laboratoire d'Hématopoïèse Régénérative (GR-NAVEIRAS)Un nouveau projet TANDEM financé par la Fondation ISREC recherche un postdoctorant très motivé pour réunir cliniciens, ingénieurs et biologistes computationnels afin de développer, entraîner et appliquer un flux de travail d'histopathologie numérique basé sur l'intelligence artificielle nommé DeepMarrow, contribuant à la stratification des résultats dans la leucémie myéloïde aiguë (LMA). L'équipe est basée à Lausanne, en Suisse, et regroupe trois institutions : (i) l'Université de Lausanne (UNIL) Faculté de Biologie et Médecine, une institution publique de premier plan en enseignement supérieur et recherche en Suisse, (ii) le Centre Hospitalier Universitaire Vaudois, régulièrement classé parmi les 20 meilleurs hôpitaux universitaires au monde, et (iii) l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne, l'une des institutions les plus prestigieuses au monde en ingénierie, technologie et sciences. Les laboratoires collaborateurs font partie du réseau Swiss Cancer Center Leman (https://sccl.ch/).PrésentationUn poste postdoctoral est disponible au Laboratoire d'Hématopoïèse Régénérative UNIL-CHUV, co-dirigé par le Prof. Olaia Naveiras (Département des Sciences Biomédicaleshttps://wp.unil.ch/naveiras-lab/team/et l'Unité de Recherche Translationnelle du Service d'Hématologiehttps://www.chuv.ch/en/hematologie/hemhome/research/et par le Dr Daniel Sage au groupe d'Imagerie Biomédicale de l'EPFL (https://bigwww.epfl.ch/). Le projet se concentre sur l'étude de caractéristiques morphologiques inexplorées et des relations spatiales dans des sections de moelle osseuse de patients sous chimiothérapie d'induction pour la LMA, avec une comparaison à d'autres scénarios de remodelage intense de la moelle osseuse. Les collaborateurs clés du projet sont le Prof. Laurence de Leval (Institut de Pathologie, CHUV-UNIL),  le Prof. Bart Deplancke (Institut de Bioingénierie, EPFL) et le Prof. Sabine Blum (Service d'Hématologie, CHUV).Informations sur le posteDate de début prévue : 01.03.2026 ou sous réserve d'approbation du visa de travailDurée du contrat : 24 mois (12+12 mois, avec possibilité d'une 3e année)Taux d'activité : 80-100%Lieu de travail : Lausanne, UNIL-FBM (campus CHUV Bugnon)Vos responsabilitésNous recherchons une personne rigoureuse, créative et orientée travail d'équipe, passionnée et idéalement déjà expérimentée en analyse d'images et approches d'apprentissage automatique associées, avec un désir d'impact clinique. Le candidat sélectionné (i) collaborera étroitement avec les cliniciens pour structurer de manière sécurisée la cohorte longitudinale d'images de moelle osseuse et les données cliniques codées associées aux trois cohortes locales, nationales et internationales actuellement approuvées, tout en (ii) développant le flux de travail DeepMarrow et l'extraction de caractéristiques morphologiques à partir du jeu de données d'entraînement disponible (doi : 10.1016/j.modpat.2022.100088) et (iii) identifiant des échantillons spécifiques pour une analyse multimodale de découverte (immunohistochimie multiplex et transcriptomique spatiale). Une exposition approfondie garantie à l'apprentissage automatique, à l'hématopathologie avancée, aux analyses omiques multimodales incluant la transcriptomique spatiale et à la biologie du niche stromale de la moelle dans une équipe très motivée et collaborative.Vos qualifications- Doctorat ou MD/PhD en biologie computationnelle ou pathologie, de préférence dans les domaines du cancer ou de la biologie des cellules souches- Grande autonomie en analyse computationnelle, compétences en traitement d'images et/ou de données transcriptomiques, et capacité à gérer des projets intégrant la curation de données et des flux de travail d'apprentissage profond.- Expertise en laboratoire humide en biologie cellulaire ou pathologie expérimentale (par ex. évaluation morphologique des tissus, H&E, immunohistochimie, traitement de tissus humains primaires) indispensable.- Expérience préalable dans l'obtention d'approbations éthiques et la manipulation de tissus humains primaires, y compris la connaissance du cadre légal et éthique (par ex. certification TRREE) sera très appréciée- Expertise en hématopathologie diagnostique ou hématologie expérimentale sera très valorisée- Capacité démontrée à gérer des projets dans un environnement hautement collaboratif indispensable- Maîtrise de l'anglais avec ...